发酵工业的废水，就好像酒精（即谷氨酸）废水和赖氨酸废水中含的硫酸根浓度为200~30000mg/L。在此类工业污水处理中低浓度的硫酸根可作为好氧微生物的无机营养物质，但高浓度的硫酸根对微生物有毒害作用。在甲烷发酵过程中，当有硫酸根存在时，硫酸盐还原菌会与产甲烷菌争夺氢，是产甲烷菌得不到氢气，无法把二氧化碳还原为甲烷气体。因此在甲烷发酵之前，需要将硫酸根的浓度降低。

硫酸盐废水的处理方法包括物理化学和生物处理两种方法。用物理化学方法就是将硫酸盐从一种状态转化成另一种状态，虽然并未能彻底去除硫酸盐，但能将大量硫酸盐去除，不过此种方法的缺点是资本投入大，漓源环保一般不建议。含硫酸盐废水的处理方法一般采用生化处理的方法。

微生物对含硫酸盐废水的厌氧处理过程称为SRB法，在厌氧条件下（氧化还原电位在-250mV以下），硫酸盐和亚硫酸盐被还原成硫化氢气体，随之硫化氢气体从水中溢出。就用氢氧化钠吸收硫化氢气体生成硫化钠，可作为工业原料回收。

硫酸盐还原菌包括了脱硫肠状菌属、脱硫叶菌属、脱硫微菌属、脱硫假单胞菌属、脱硫弧菌属、热脱硫杆菌属、脱硫菌属、脱硫杆菌属、脱硫球菌属等。它们均为严格厌氧，能还原硫酸成硫单质或硫化氢，能固氮，多生活在厌氧的淡水或海洋底部沉淀物和水中。

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